2006年3月20日，烟台万华以“送股+认购权证+认沽权证”的方式推出组合对价方案，2006年4月11日，烟台万华以上股改方案以99.84%的赞成率高票获得通过，充分显示了股东对股改方案的认同和赞成，体现了市场对于烟台万华发展前景的信心。之后，烟台万华权证于2006年4月27日上市。新股改方案的成功使企业与股东双双受益。
    2006年12月23日，烟台万华公告：由管理层投资的烟台万信投资有限公司和烟台万诚投资有限公司，控股了烟台华力热电股份有限公司。而华力热电持有烟台万华的控股股东烟台万华华信合成革有限公司24.58%的股权，管理层从而曲线参股烟台万华。这次股权变动，管理层股权激励问题露出眉目，拉开了上市公司管理层间接持股和实施股权方案的序幕，意味着公司在改制方面迈出了关键的一步。由于在现有的政策条件下，直接在上市公司层面进行高管股权激励存在着各方面的风险，因此公司将股权向上延伸，在集团层面实施间接方案，既可最大程度避免方案通不过的风险，又可对上市公司高管起到相当的激励约束作用，使上市公司高管的利益与股东利益达到一致。
    2008年是烟台万华成立以来外部环境最跌宕起伏、经营环境最严酷的一年。上半年雪灾对公司的销售产生了一定影响，下半年则是市场的低迷使产品价格和需求都发生了急剧变化。但是，本着对股东负责的态度，烟台万华仍然进行 “高派送”。2006起，烟台万华连续3年利润分配总额近20亿元。
    2009年，烟台万华加紧资本运作步伐。9月2日，参股红塔创新投资股份有限公司，初始投资2000万元，持股比例5%。随后，数周的猜测和传闻也得到证实，烟台万华与 Borsod鄄ChemRT公司的控股方Permira公司进行接洽，有意成为这家匈牙利化学品公司的战略投资者，这家匈牙利公司将成为万华集团在欧洲的第一座生产基地，烟台万华的海外资本战略迈出关键的一步。