该校人文社会科学硕士研究生试行以两年为基础的弹性学制，理工科专业学制为三年。同等学力人员报考要求通过国家大学英语四级考试(CET-4)，并在核心期刊发表相当于报考专业本科毕业论文水平的文章。

　　南开大学工商管理硕士专业实行全国联考，考试科目为英语和综合能力。该专业只招收委托培养或自筹经费研究生。报考工商管理专业必须是大学本科毕业后工作3年或3年以上；大专毕业后工作5年或5年以上；已获硕士学位或博士学位工作2年或2年以上的在职人员。

　　南开大学研究生院副院长李靖说，研究生考试过窄的命题范围容易造成应试教育，不易考核出考生的真正水平、综合知识和能力。因而，南开大学鼓励各学科根据自身特点，强化复试过程，在研究生考试题目的设计中充分利用自主出题科目，把握试题的难易程度，最大限度地检测出考生的能力和潜力。实行复试否决制，复试成绩不合格的考生，初试成绩再高也将落榜。