联合基金Ⅱ期协议是在Ⅰ期（2009—2011年）协议执行情况良好的基础上续签的。联合基金Ⅰ期总量为1.2亿元，依托北京正负电子对撞机、兰州重离子加速器及冷却储存环装置、合肥同步辐射装置、上海同步辐射光源4个装置，面向全国受理申请。

    当天签署的联合基金Ⅱ期（2012—2014年）协议将基金总量增至1.8亿元，目的是引导全国科研人员将自己的研究工作与我国的大科学装置密切结合，充分发挥大科学装置的科研支撑能力。一方面提升科学家的研究水平和创新能力，培养一批依托大科学装置开展工作的研究队伍；另一方面不断更新和补充大科学装置实验终端的实验能力，持续增强其多学科研究支撑能力。基金所依托的大科学装置在Ⅰ期4个大装置的基础上新增加了稳态强磁场装置。

    协议规定，联合基金Ⅱ期主要支持研究内容包括：物质科学前沿领域的科学问题（物理、化学、材料）；信息领域的科学问题；生命领域的科学问题（包括生物物理与医学）；环境和资源领域科学问题；学科交叉的科学问题等。