长期以来，我国大学缺乏办学自主权，实行“官僚模式”的教育行政管理方式，其主要特征是高等教育是具有全国性的体系，政府对人员招聘、升级、工资结构和学习课程等有严格的规定，行政权力具有绝对权威，学校、院系、教师都是这种直线型行政链上的执行者，在这种行政管理主导模式中，学术权力受到限制和削弱。

 

虽然现在大学具有独立法人地位，并拥有相对较大的办学自主权，但是长期形成的以行政为主的管理模式的思维惯性，依然难以在短时间内得到根本改善，部分行政人员仍然用“官本位”的思维方式对教师行使学术权力表现出不能理解或信任，学术权力的重塑过程依然存在重重阻力。同时学术权力的不完善和不规范，也造成行政管理替代学术管理的现象时有发生。

 

 

目前，我国大学内部的组织结构，还是基本采用由行政决策机构、行政管理机构、基础学术组织形成的科层制结构框架。这种组织框架的设计符合行政权力的需求，可以通过自上而下的权力传递系统，充分反映和贯彻领导核心的行政意图。但是学术权力的自治性，决定了其领导核心是从地位平等的人组成的团体中推荐产生的代表，因此学术权力的传递系统与行政权力相反，是一种自下而上的结构。

 

从而可以想象，在直线型科层制管理体系中存在矢量方向完全相反的两种力量，必然会导致相互碰撞，而这种碰撞主要发生在系统内行政权力组织和学术权力组织的交界面上，具体体现为机关部处与院系之间的矛盾冲突。当行政权力与学术权力产生冲突的时候，行政权力可以凭借其资源调配权压制学术权力，于是就产生了行政权力凌驾于学术权力之上的现象。

 

 

处理好当前我国大学内部学术权力和行政权力关系的关键，在于通过合理的制度设计，控制行政权力，保障学术权力。保障学术权力的关键，在于明确学术标准的制定权和学术资源的支配权。行政权力调整的关键，则在于加强宏观调控能力。

 

 

由于学术权力与行政权力的组织结构是反向的，因此它们无法同时存在于直线型的科层制结构中，只有扁平式的权力结构才适合它们的共存，即在组织内部存在学术权力和行政权力两种体系。这种权力构架成立的前提条件，是学术权力和行政权力的适当分离。

 

上海交通大学在2008年初，以各学科民主推举为基础，重新组建了大学学术委员会以及各学科领域的学部学术委员会，目的就是为了形成一个相对独立于行政决策体系之外的学术决策和咨询体系。学术委员会是学校学术事务的决策机构，并具有审议涉及学校发展的各类规划；制订各类学术标准；监督各专业委员会工作；咨询各类重要学术问题等权力，充分保障教授在学术管理中的主体地位。以教授为主体的学术委员会，将最终决定学校未来重点发展的研究领域、学术标准的制订等重要决策。行政机构则是根据学术委员会的决定，配备相应的资源。