按照《国家重点基础研究发展计划管理办法》的要求，项目结题验收工作分为课题验收和项目验收两个阶段。课题验收由项目首席科学家会同项目依托部门组织，由项目首席科学家主持，2011年10月前完成。项目验收由科技部委托973计划专家顾问组成员主持，分为农业科学、能源科学、信息科学、资源环境科学、健康科学、材料科学、制造与工程科学、综合交叉科学、重大科学前沿九个领域以及中医理论、重要传染病基础研究两个专题共11个组进行。

    根据973计划“十二五”改革的新思路，本次结题验收切实贯彻科技计划管理改革精神，强化科学目标导向，将项目解决重大科学问题的进展程度作为验收的一项重要指标明确提出；进一步明确成果归属，明确规定代表性学术论文需要973计划为第一、二标注，并且应与项目研究内容密切相关；加强了国际评价和开放性，鼓励项目组邀请海外高水平专家参与课题验收工作；同时还加强了科普宣传工作，要求项目发表科普文章对其成果进行科学普及。

    为使验收专家对项目充分了解进而做出客观评价，基础研究司请专家提前半月开始审阅项目验收材料。验收专家组本着高度负责的态度，认真审阅验收材料，会议上对结题项目的完成情况、成果的创新性、项目的实施效果以及项目的组织管理等方面进行了审核，特别是对项目的评价等级进行严格把关，客观公正地对每个项目进行定性评议和打分，并提出了项目验收专家组意见，圆满完成了项目验收的任务。