2006年，财政部、科技部共同制定了《国家重点基础研究发展计划专项经费管理办法》、《国家科技支撑计划专项经费管理办法》、《国家高技术研究发展计划（863计划）专项经费管理办法》和《公益性行业科研专项经费管理试行办法》（财教[2006]159号、160号、163号和219号，以下简称《经费管理办法》）。为进一步改革和加强科研经费管理，针对《经费管理办法》执行过程中存在的需要进一步明确和解决的问题，现就相关国家科技计划课题和公益性行业科研专项项目（以下统一简称课题）经费管理和使用的有关事项通知如下：

　　一、调整课题经费开支范围
　　为适应科研活动规律的需要，落实财政科学化精细化管理要求，建立课题间接成本补偿机制，将课题经费分为直接费用和间接费用。
　　1.直接费用是指在课题研究开发过程中发生的与之直接相关的费用，主要包括设备费、材料费、测试化验加工费、燃料动力费、差旅费、会议费、国际合作与交流费、出版/文献/信息传播/知识产权事务费、劳务费、专家咨询费和其他支出等。
　　2.间接费用是指承担课题任务的单位在组织实施课题过程中发生的无法在直接费用中列支的相关费用。主要包括承担课题任务的单位为课题研究提供的现有仪器设备及房屋，水、电、气、暖消耗，有关管理费用的补助支出，以及绩效支出等。其中绩效支出是指承担课题任务的单位为提高科研工作绩效安排的相关支出。
　　间接费用使用分段超额累退比例法计算并实行总额控制，按照不超过课题经费中直接费用扣除设备购置费后的一定比例核定，具体比例如下：
　　500万元及以下部分不超过20%；
　　超过500万元至1000万元的部分不超过13%；
　　超过1000万元的部分不超过10%。
　　间接费用中绩效支出不超过直接费用扣除设备购置费后的5%。
间接费用按课题统一核定，由课题承担单位和课题合作单位根据各自承担的研究任务和经费额度，协商提出分配方案，在课题预算（书）中明确，并分别纳入各自单位财务统一管理，统筹安排使用。其中绩效支出，应当在对科研工作进行绩效考核的基础上，结合科研人员实绩，由所在单位根据国家有关规定统筹安排。课题承担单位和课题合作单位不得在核定的间接费用以外再以任何名义在课题经费中重复提取、列支相关费用。

　　二、强化预算编制和评估评审要求
　　课题申请单位应当在认真学习理解《经费管理办法》的基础上，根据课题研究开发任务的特点和实际需要，按照政策相符性、目标相关性和经济合理性的原则，科学、合理、真实地编制课题经费预算。课题直接费用各项支出不得简单按比例编列。其中，劳务费预算没有比例限制，课题申请单位应当结合单位实际和相关人员参与课题的全时工作时间，科学合理、实事求是地编制，并严格按照《经费管理办法》规定的开支范围使用；专家咨询费预算应当按照《经费管理办法》规定的标准据实编制；设备费预算编制中应当注意严格控制设备购置，鼓励共享、试制、租赁专用仪器设备以及对现有仪器设备进行升级改造，确有必要购买的，单位应当对拟购置设备的必要性、现有同样设备的利用情况以及购置设备的开放共享方案等进行单独说明。
　　课题经费预算评估评审中，有关中介机构和咨询专家应当科学合理地提出预算审核建议，不得简单化地按比例核减课题直接费用预算。建立健全课题经费预算评估评审的沟通反馈机制。

　　三、加强资金拨付和结存结余经费的管理
　　科技部、相关主管部门应当按照部门预算管理的规定，提前组织课题立项等相关工作，并按照部门预算编报的时间要求及时将预算安排建议报送财政部，提高年初预算到位率。财政部及时审核并通过部门预算下达课题经费预算。科技部、相关主管部门应当按照财政国库管理有关规定及时支付资金，财政部正式批复部门预算前可以从1月1日起按“二上”预算数的1/4支付资金。
　　课题承担单位应当根据课题年度实施的实际需要申请预算，本着勤俭节约的原则合理安排支出，最大限度地减少资金的结存结余，提高课题年度预算的执行效率。
　　课题结存结余经费的管理按照《经费管理办法》有关规定执行。课题结存经费是指未完成课题年度经费预算减去年度实际支出后的余额，课题在研期间，结存经费应当留由课题承担单位结转下一年度按规定继续使用。课题结余经费是指课题结束或因故终止时，课题经费总预算减去实际总支出后的余额，因故终止课题结余经费还应当包括处理已购物资、材料及仪器、设备的变价收入。课题结余经费应当按原渠道收回科技部或相关主管部门，由科技部或相关主管部门按照财政部关于财政拨款结转和结余资金管理的有关规定执行。