2009年国家自然科学基金项目申请数量持续增长，截止到9月1日，共收到各类申请100778项。其中在3月1日－20日申请集中接收期间，共接收申请97755项。与2008年同期相比，项目申请数量增加了17896项，增长22.41%，增长幅度超过了2007年的11.12%和2008年的13.48%。
    在集中接收的各类项目申请中，青年科学基金申请量继续保持迅猛增长态势，近年来增长率始终超过25%，2009年更达到34.98%。面上项目申请增量较大，增加了8217项，增长16.67%；地区科学基金申请量比2008年大幅度增加，增加了1486项，增长44.46%。
    根据项目申请量特别是青年科学基金和地区科学基金项目大幅度增加的现状，为在资助工作中突出“更加侧重基础、侧重人才”的战略导向，国家自然科学基金委员会及时调整了资助计划，青年科学基金和地区科学基金同比均增加了29%。面上项目、青年科学基金和地区科学基金三类项目经费合计占自然科学基金总经费比例达66.8％，同比提高了约4.3个百分点，为科学技术人员在广泛学科领域自由探索提供了有力支持。
    经过同行专家通讯评审和会议评审，根据《国家自然科学基金条例》、国家自然科学基金相关管理办法和专家评审结果，2009年9月1日，国家自然科学基金委员会委务会议批准资助了如下类型项目：
    1．面上项目10061项，资助经费330516万元，资助率17.49%，平均资助强度32.85万元/项。
    2．青年科学基金项目6079项，资助经费120304万元，资助率21.31%，平均资助强度19.79万元/项。
    3．地区科学基金项目922项，资助经费22180万元，资助率19.09%，平均资助强度24.06万元/项。
    4．重点项目391项，资助经费72408万元，平均资助强度185.19万元。
    5．重大项目11项，资助经费11000万元，平均资助强度1000万元/项。
    6．创新研究群体28个，资助经费13700万元。
    7．海外与港澳学者合作研究基金项目77项，资助经费1540万元。
    8．科学仪器基础研究项目35项，资助经费5000万元。
    9．科普项目10项，资助经费200万元。
    10．重大国际（地区）合作研究项目47项，资助经费5050万元。
    11．部分联合资助基金项目109项，资助经费5460万元。
    其他类型项目，如国家杰出青年科学基金、重大研究计划、国家基础科学人才培养基金等正在审批过程中。