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西安交大徐光魁教授课题组 JMPS:一种高效的基于刚度矩阵的细胞单层计算方法
2022-09-23  来源:高分子科技

  作为重要的生理功能,上皮组织形态发生是一个多尺度动态过程。这一过程中,机械信号对正常的细胞活动包括增殖、分化、迁移等的调控是必不可少的。为了揭示上皮单层复杂形态发生过程的机械机制,人们开发了许多模拟细胞群体(细胞单层)的离散模型,如顶点模型,Pott模型和Flocking模型等。其中,应用最广泛的是顶点模型,它可以成功地再现细胞的大部分运动行为,但由于计算成本较大,通常局限于研究小规模细胞群。此外,现有模型也常常忽略与细胞形态和特性密切相关的细胞骨架结构。随着生物物理/生物化学机制的数学描述的复杂性和组织规模/维度的增加,降低细胞单层时空演化的计算成本成为了一个突出的挑战。


  为实现探究细胞单层力学机制的高效性、准确性和全面性,西安交通大学徐光魁教授团队提出了一种基于结构刚度矩阵的计算方法(SMM),该方法可以准确、快速地评估细胞单层的力学性能和模拟大规模细胞群变形与运动行为(图1)。利用该方法,模拟了细胞单层在线性和阶跃应变加载方式下的变形行为。进一步,考虑细胞骨架结构特征,研究了不同尺度变化对细胞单层力学行为的影响。



1  含有细胞骨架结构的上皮单层模型及计算方法流程


无细胞骨架结构的上皮单层力学行为


  首先,利用发展的SMM方法模拟了细胞单层在线性和阶跃应变下的力学响应,并将得到的结果与传统顶点模型(VM)的结果进行比较,如图2和3所示。结果表明:两种方法求解的应力-应变曲线几乎一致,验证了模型的有效性。在模拟细胞群时,本文提出的SMM方法比VM模型具有明显更高的计算效率。特别是,当模拟大规模细胞群或大变形时,新发展的SMM方法计算速度比传统VM方法快一个数量级以上。因此,该方法也将有望在大规模组织的时空动态演化建模中得以应用。



模拟线性和阶跃应变加载下细胞单层的方法验证与比较



3  刚度矩阵模型与传统顶点模型的时间效率比较


具有细胞骨架结构的上皮单层力学行为


  然后,利用SMM方法研究线性拉伸应变下含细胞骨架结构的细胞单层力学行为,讨论了细胞分裂方向和细胞/分子尺度的变化对单层力学性质的影响,如图4所示。结果表明:细胞沿着由实验标定的TCJ轴分裂比其他分裂方向可以更有效地耗散外部应力,并有助于形成更多各向同性的细胞形状。此外,通过改变分子和细胞尺度的力学参数,得到了与实验测量一致的细胞单层的力学特性,特别是预测了其他模型中忽略的细胞骨架的影响规律。这些工作揭示了机械刺激下上皮组织拓扑结构变化的机制,有助于进一步理解分子和细胞力学在组织力学中的作用。


分裂方向和细胞/分子尺度的变化对细胞单层力学的影响


  以上研究成果以“A structural stiffness matrix-based computational mechanics method of epithelial monolayers”为题于9月20日在线发表在固体力学旗舰期刊《Journal of the Mechanics and Physics of Solids》(2022, 169, 105077)上。论文第一作者为西安交通大学航天航空学院多尺度力学-医学交叉实验室博士生殷旭。合作者有西安交通大学航天航空学院博士生王必聪、中国空气动力学研究中心空气动力学国家重点实验室刘磊研究员。通讯作者是北京科技大学张立元副教授和西安交通大学航天航空学院徐光魁教授。该研究得到了国家自然科学基金优秀青年科学基金和面上项目的资助。


  原文链接:https://doi.org/10.1016/j.jmps.2022.105077

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(责任编辑:xu)
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