原料供应分散且不足

    足量、稳定的原料供应才能支持生物燃料的快速发展。以中国纤维素乙醇为例。纤维素乙醇主要以农林废料为原料。据中国农业部统计，全国每年秸秆等农业废料产量在7亿吨以上，但去除农民焚烧填埋和生物质直燃消耗等去处，仅剩余3亿吨以上。目前中国国内没有统一的秸秆供应商，主要依赖于生物燃料企业自己从农民和大型农场所在地收购，这也增加了秸秆收购和储运成本。

    市场进入门槛高

    第二代生物燃料属于高新技术产业，行业内企业必须保持对技术研究的高额投入，因此对进入者资金的要求比较高。尤其是现阶段，整个行业的技术还未成熟，需要持续的大投入之后才有可能有所回报。
    由于第二代生物燃料产业在缓解能源紧张和环境压力的同时，能拉动农村经济、增加农民收入并推进新农村建设，因此在国内有巨大的发展潜力。纵观美国、欧洲等发达国家地区也相继在2010年发布了一系列支持第二代生物燃料产业的政策，提高了在未来产业发展中纤维素乙醇等先进生物燃料所占的比例。长远看来，生物燃料行业未来的发展前景仍是乐观的。

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