2012年6月28日，浙江大学水环境研究院院长陈英旭已被西湖区人民检察院刑事拘留，7月12日被依法逮捕。陈英旭的代理律师戴梦华称，此次事发，是例行审计到浙江大学时，陈英旭自觉经费使用存在问题，将违规的款项退回，之后被立案侦查。

   2013年3月19日，杭州市中级人民法院开庭审理了陈英旭涉嫌贪污案，杭州市人民检察院指控：陈英旭授意其博士生陆续以开具虚假发票、编造虚假合同、编制虚假账目等手段，将1022.6646万元专项科研经费套取或者变现非法占为己有。

   知情人士称，如果这一指控被法院认定，此案可能创造了贪污科研经费的新记录。

   检方指控通过设立公司非法占有千万科研经费

   资料显示，陈英旭教授是中国水环境治理领域的知名专家，享受国务院特殊津贴。案发前，他担任浙江大学环境与资源学院常务副院长、水环境研究院院长。

   陈英旭还是中国民主促进会中央委员、浙江省副主任委员，担任过三届全国政协委员。

   检方的起诉书显示，陈英旭的出事，源于他2008年正式接手的“太湖流域苕溪面源污染河流综合整治技术集成与示范工程”（以下简称“苕溪课题”）。

   “苕溪课题”隶属于迄今为止我国资金投入总量最大的环境科研项目“水体污染控制与治理科技重大专项”（以下简称“水专项”），作为国内水污染领域专家的陈英旭拿下的“苕溪课题”是水专项“十一五”课题中的“太湖富营养化控制与治理技术及示范工程”。

   2008年8月30日，国家水专项办公室组织水专项专家组对陈英旭教授主持的“太湖流域苕溪农业面源污染河流综合整治技术集成与示范工程”项目课题进行了论证。由原中国科学院副院长孙鸿烈院士为组长，中国工程院刘鸿亮院士、蔡道基院士、水专项总体专家组技术总师孟伟研究员、河流主题组长王子健研究员等二十多位技术、管理、财务方面专家组成的论证委员会，一致同意该项目通过论证，并要求尽快实施。

   “苕溪课题”总经费高达3.135亿元，其中国家拨付经费1.0544亿元。

   该项目针对苕溪突出的农业面源污染问题，开展河流农业面源污染控制与管理技术及集成示范研究，设置了现代效益农业清洁生产关键技术及集成示范等研究任务，拟在苕溪上中下游和苕溪入湖河段,开展畜禽水产养殖业循环经济关键技术与区域污染控制示范、苕溪上游健康水生态系统构建等技术集成及工程示范。通过项目的实施将建立以河流目标负荷量动态控制为核心、农业面源污染削减为重点的河流污染控制技术与水环境综合管理技术平台，为完成我国太湖流域水环境综合治理，实施“清水入湖工程”提供科学支撑。

   陈英旭所在的浙江大学在这一轮的水专项课题申报中斩获颇丰。其中，他本人以及浙大张土乔教授分别是河流主题和饮用水主题的专家组成员。此外，根据浙大新闻办2009年的信息，浙江大学总共拿下了9个课题，是全国高校获得“水专项”国拨经费最多的牵头单位之一。

   起诉书显示，2008年8月至2011年12月，陈英旭用自己课题总负责人的身份，将关联公司列为课题外协单位，再通过授意关联公司开具虚假发票、编造虚假合同、编制虚假账目等手段，将1022.6646万元专项科研经费套取或者变现非法占为己有。

   两家关联公司是杭州高博环保科技有限公司（以下简称“高博公司”）、杭州波易环保工程有限公司（以下简称“波易公司”），两公司的实际控制人系陈英旭的博士生杨尚源、王云龙。

   苕溪课题共分10个子课题，其中高博公司参与了第3子课题，高博公司、波易公司参与第4子课题，波易公司参与第10子课题。而检察院最终认定出问题的，是第4子课题与第10子课题。

   起诉书显示，陈英旭将苕溪课题第10子课题的部分科研任务交由浙江工业大学生物与环境工程学院副教授金赞芳负责，共拨付金赞芳课题组专项科研经费共计320万元。金赞芳告诉记者，这320万元中，双方合同约定其中的200万元由波易公司支配使用。

   检察机关认为，2010年11月至2011年5月，被告人陈英旭授意其学生杨尚源、梁志伟多次采用编造虚假技术服务合同、开具虚假发票等手段，将金赞芳课题组专项科研经费共计178.2077万元套现，非法占为己有。