根据初衷可以看到，“985工程”的实质是确定一批基础比较好的高校，由中央、部委、地方等出资建设。所以建设“985”高校大都通过高校、教育部、省政府、相关部委等多方签署共建协议的方式推进。

 

2001年11月20日，财政部、教育部下发《“面向21世纪教育振兴行动计划”专项资金管理办法（修订）》，明确“行动计划”资金来源于中央财政专项资金、地方财政专项资金、部门配套资金以及其他自筹资金。

 

专项资金的支持方向包括“为创建世界一流大学、高水平大学、一流学科等特殊专项的支出”，即“985工程”。

 

其中，中央专项资金重点用于优势学科创新平台和哲学社会科学创新基地建设，不能用于各单位的日常支出。其他资金则可根据学校“985工程”建设规划进行安排。

 

在最初确定的北京大学和清华大学，3年内中央为两所学校各拨专款18亿元。它们也是仅有的两所不需要与地方合作共建的“985”大学，从而显示出其在中国教育界和政府定位中的独特地位。

 

其后7所“国内一流、国际知名高水平大学”则在正常教育经费外，由中央、地方在3年内向每所学校各投入10亿元左右经费。如中国科技大学，就由教育部、安徽省和主管单位中国科学院均摊，每家各3亿元。哈工大、北航等还从国防科工局获得了资金。

 

后来随着“985”高校增多，教育部对各校定位不同，中央投入也有区别。这样，地方拨款就成为了重要因素。比如在地方财政实力强的广东和山东，中山大学、山东大学在各获得教育部3亿元拨款外，分别从省政府获得9亿、5亿元。在西北的甘肃，兰州大学在“985”二期也从教育部获得3亿元，从省政府获得1.5亿元。

 

“985工程”经费可以用在高校建设的各个方面。比如根据兰州大学信息，4.5亿元中用于兰大第一、第二医院建设资金各1000万元。

 

根据各校的相关信息，“985工程”二期投入一般不低于一期。这样，在为期6年的两个“985工程”已实施期内，中央及地方投入有望超过500亿元人民币。此外，因为“985”高校均为“211工程”大学，因此还会获得“211工程”拨款。

 

需要一提的是，在二期实施期间，部分地方和部委退出了合作。特别是在确定有部委参与后，一些地方政府不再出资。但目前各校至少保持了“教育部+1”的模式。

 

2010年3月16至17日，教育部、财政部在北京联合召开“985工程”二期验收大会。这标志着“985”二期结束。

 

能够体现“985工程”评价标准的是，教育部、财政部“985工程”办公室对工程10年统计材料的要求。根据这份2008年发至各校的文件，“教育部学位管理与研究生教育司和课题组主要负责收集能够从公开渠道获取的数据（如院士、973首席科学家、长江学者、国家重点实验室、国家重点学科、获国家级奖、SCI论文等）；学校提供的数据主要是反映‘985工程’投入对学校在培养和引进人才、国际交流与合作、吸引社会资源办学等方面产生的积极影响和效益。”

 

而在统计指标方面包括：博士学位教师，有海外博士学位的教师，国际学术奖项和名誉头衔获得者，被政府聘任的咨询专家和顾问，学校专家为省部级以上单位的集体学习进行辅导的情况，收入明细，科研经费构成与成果转化，国家大学科技园，主办、举办、承办国际学术会议等16项。