朱道本副主任强调，重大研究计划和创新研究群体是科学基金发挥导向作用、提升整体创新能力的两种较为成功的资助方式。“十一五”时期将继续加强与完善这种资助模式，更加明确其战略定位和组织模式，加强科学目标导向和整体力量的集成升华，总体资助经费将进一步增加，并实行6~8年比较长期的稳定支持。总的来看，在规划科学基金“十一五”资助格局时，特别注意妥善处理均衡发展与重点部署的关系。在资源分配上，充分保证促进学科均衡协调发展的资助工作，以面上项目、部分重点项目为主，经费将占项目总经费的70％左右；此外，继续安排一部分经费，大约为项目总经费的20％左右，推动以国家的战略需求和重大科学前沿为目标，重点规划，促进跨越发展。
    《规划》为“十一五”期间国家自然科学基金设定了量化的资助目标，包括：项目资助规模控制在每年10000项左右，资助强度力争比“十五”明显增加；支持探索性较强、风险性较大的创新研究，将自由申请项目经费的3%～4％左右用于资助非共识项目研究；五年共安排重点项目1800项左右，平均资助强度达到200万元以上；重大项目资助规模控制在30项左右，平均资助强度1000万元以上；安排实施15个重大研究计划，每个预算额度为1亿～2亿元；国家杰出青年科学基金计划资助约900人；资助创新研究群体100个左右，获延续资助的创新研究群体约180个；支持基础科学人才培养基地约100个；安排资助国家杰出青年科学基金（外籍）100人、海外及港澳青年学者合作研究基金约400人；到“十一五”期末，资助青年科学基金项目每年将达2500项左右。  
   “世界科学发展历程表明，许多重大进展都源自于科研条件的创新与改进，科技环境对创新能力的发挥极为重要。”朱道本副主任指出，科学基金未来五年还将加强条件支撑，优化发展环境，加强国际（地区）合作与交流，推动科技资源共享，支持科学普及和青少年科技活动，加强地区科学基金资助工作，完善联合资助体系。完善学科布局，促进学科协调发展。对数、理、化、天文、地球、生物、农业、医学、力学、工程、信息、材料、能源、环境、海洋、空间、脑与认知、管理等18个学科的发展方向和资助重点进行了规划。制定了7个科学部的优先发展领域，遴选了量子调控、科学与工程计算等13个综合交叉的优先发展领域。   
    此外，国家自然科学基金还将努力实施卓越管理战略，完善科学基金管理体系和运行机制，加强管理队伍建设，发挥项目依托单位的作用，全面提高科学基金管理能力，保障科学基金使用效益，为此制定了健全财务管理体系、加强专家队伍建设、加强成果管理等一系列保障措施。朱道本副主任相信，这些措施将对完善科学基金管理体系和运行机制，全面提升科学基金管理能力，弘扬解放思想、勇于创新的科学精神，促进基金成果传播与共享，增强科学基金资助绩效等起到积极的促进作用。