本发明属于材料技术领域，具体涉及一种全生物基苯并噁嗪树脂及其制备方法；包含以下步骤：将辣椒素作为酚源，将糠胺作为胺源与醛类化合物在有机溶剂中混合，于40~90℃反应4~8h，经纯化处理得到全生物基苯并噁嗪单体；将所述苯并噁嗪单体在130~220℃固化反应4~12h得到聚苯并噁嗪。辣椒素作为一种生物基原料有抗氧化、抗菌的作用。本发明制备的树脂首次将生物基辣椒素引入到苯并噁嗪树脂中。本发明树脂的原料易得、成本较低、操作过程简单、对环境友好，有望应用到抗菌涂层中，实现工业化生产。